Dział Farmacji zajmuje się organizowaniem zaopatrzenia szpitala w produkty lecznicze i wyroby medyczne. Jest odpowiedzialny jest za prawidłowe utrzymanie i właściwe przechowywanie niezbędnych leków i farmaceutyków. Prowadzi również ewidencję zakupionych przez Kliniczne Centrum produktów leczniczych.