Strukturę organizacyjną  Klinicznego Centrum Ginekologii, Położnictwa i Neonatologii w Opolu tworzą zakłady lecznicze:

1. Kliniczne Centrum Ginekologii, Położnictwa i Neonatologii w Opolu – lecznictwo stacjonarne
2. Kliniczne Centrum Ginekologii, Położnictwa i Neonatologii w Opolu – lecznictwo ambulatoryjne, w których wykonywana jest działalność lecznicza.

W ramach zakładu leczniczego:   Kliniczne Centrum Ginekologii, Położnictwa i Neonatologii w Opolu – lecznictwo stacjonarne, działa Szpital Ginekologiczno-Położniczy i Noworodków im. dr med. Sergiusza Mossora z następującymi komórkami organizacyjnymi:

I Oddział Kliniczny Ginekologii i Położnictwa:

• Pododdział Ginekologii Onkologicznej
• Pododdział Patologii Ciąży
• Sala Porodowa

Oddział Kliniczny Neonatologii:

•  Pododdział Patologii Noworodków

Izba Przyjęć
Oddział Anestezjologii
Blok Operacyjny
Centralna Sterylizatornia
Apteka Szpitalna
Medyczne Laboratorium Diagnostyczne
Pracownia RTG
Szkoła Rodzenia
Podstawowa Opieka Zdrowotna – nocna i świąteczna opieka zdrowotna
Bank Mleka Kobiecego
Specjalista ds. epidemiologii.

W ramach zakładu leczniczego: Kliniczne Centrum Ginekologii, Położnictwa i Neonatologii w Opolu – lecznictwo ambulatoryjne działają:

Poradnie Konsultacyjne:

• Poradnia Neonatologiczna
• Poradnia Ginekologiczno-Położnicza
• Poradnia Patologii Ciąży
• Poradnia Laktacyjna
• Poradnia Ginekologii Onkologicznej
• Poradnia Endokrynologiczno-Ginekologiczna.

Ośrodek Dzienny Rehabilitacji Wieku Rozwojowego

• Ośrodek Dziennej Rehabilitacji dla Dzieci.

Referencyjny Ośrodek Diagnostyki i Leczenia Niepłodności

• Poradnia Diagnostyki i Leczenia Niepłodności,
• Laboratorium Diagnostyki Niepłodności.

Ponadto w skład Klinicznego Centrum wchodzą komórki organizacyjne i samodzielne stanowiska pracy niemedyczne, które realizują zadania wyznaczone przez Dyrektora:

Dział Finansowo-Księgowy
Dział Organizacji i Nadzoru
Dział Administracyjno-Gospodarczy
Dział Służb Pracowniczych
Dział Informatyki
Samodzielne stanowiska ds. zamówień publicznych
Radca Prawny
Samodzielne stanowisko ds. komunikacji – rzecznik prasowy
Samodzielne stanowisko ds. BHP 
Samodzielne stanowisko ds p. poż
Samodzielne stanowisko ds. jakości
Samodzielne stanowisko ds. controllingu i kontroli zarządczej
Samodzielne stanowisko ds. pozyskiwania środków zewnętrznych oraz optymalizacji procesów
Inspektor ochrony radiologicznej
Inspektor ochrony danych
Pełnomocnik ds. cyberbezpieczeństwa.

Organizację i przebieg procesu udzielania świadczeń zdrowotnych, z zapewnieniem właściwej dostępności i jakości tych świadczeń w Klinicznym Centrum, a także szczegółową organizację i zakresy działania jednostek i komórek organizacyjnych określa Regulamin Organizacyjny ustalony przez Dyrektora.